
ORYZA GENOME DATABASE
English | Chinese
基因组基本特征
1) JX1
Genome information
Estimated genome size (Mbp)
409.3
Number of contigs
219
Contig N50 (bp)
5.8
GC content
43%
Gene Annotation
Number
39,252
Gene size (bp)
2,910
Exons/gene
4.54
Introns/gene
3.54
TE Repeats
Number
503,545
Gene size (bp)
406
ClassI TEs size (bp)
779
ClassII TEs size (bp)
248
2) SL1
Genome information
Estimated genome size (Mbp)
396.4
Number of contigs
294
Contig N50 (bp)
2.7
GC content
44%
Gene Annotation
Number
39,343
Gene size (bp)
2,834
Exons/gene
4.51
Introns/gene
3.51
TE Repeats
Number
497,858
Gene size (bp)
382
ClassI TEs size (bp)
734
ClassII TEs size (bp)
243
3) LM8
Genome information
Estimated genome size (Mbp)
375.3
Number of contigs
35
Contig N50 (bp)
17.9
GC content
35-45%
Gene Annotation
Number
36,561
Gene size (bp)
3,545
Exons/gene
4.43
Introns/gene
3.43
TE Repeats
Number
463,139
Gene size (bp)
396
ClassI TEs size (bp)
819
ClassII TEs size (bp)
240
Introduction to the Oryza Genome Database
水稻即亚洲栽培稻(Oryza sativa
L.)属于禾本科稻属(Oryza),是重要的粮食作物,养活了全球一半以上的人口。目前,公认的稻属包含22个野生种和2个栽培种,10个基因组类型(AA、BB、CC、EE、FF、GG、BBCC、CCDD、HHJJ和HHKK)。稻属植物的基因组差异大、植株形态多样,分布广泛,是水稻育种的重要资源(图1)。同时,野生稻种质资源在长期的自然进化过程中,不仅蕴藏着大量抵御生物和非生物胁迫的基因,而且保留了众多栽培稻已丢失的优异等位基因,是水稻遗传改良和基础研究的重要资源。
野生稻基因组杂合度较高,高质量野生稻基因组较少。组装稻属各物种高质量基因组,可为后续稻种间比较基因组学的研究提供更好的研究基础。同时,即使同一个物种不同材料间的基因组具有较大差异。本网站致力于公布组装高质量稻属及其遗传材料的基因组,为挖掘稻种资源中的优异等位基因,填补水稻遗传基础狭窄的不足,加快水稻分子设计育种构建基础数据平台。
目前公布的基因组信息包括两个普通野生稻(中国江西的普通野生稻JX1、斯里兰卡的普通野生稻SL1)和一个具有绿色种皮与广谱抗性的遗传材料LM8。对这三份材料结合Illumina
Hiseq
X10、BioNano和HiC、50X平台,完成染色体级别的基因组组装和高精度注释。

图1. 稻属基因组和形态多样性。
10个稻属物种关系、基因组大小(Ai et al. 2012)和形态特征。
10个稻属物种关系、基因组大小(Ai et al. 2012)和形态特征。
致谢
感谢中国农业科学院作物科学研究所、安徽农业科学院、福建农业科学院、广东农业科学院、国际水稻研究所、广西农业科学院、海南农业科学院、湖南农业科学院、江西农业科学院、南昌大学、华盛顿大学圣路易斯、云南农业科学院等12家单位为本网站提供的相关测序材料及技术支持。
感谢国家十三五重点研发计划(七大作物育种专项:2016YFD0100301)国家自然科学基金项目
(31970237,31670211);中国农业科学院科技创新工程;农业农村部国际合作专项支持。
鼓励使用本网站信息的用户引用“Oryza Genome Database”网站。